To se nije dogodilo, a Bilić, kako je i sam rekao, nije doveden i skupo plaćen da bi bio treći. Prvu sezonu u Bešiktašu završio je na trećem mjestu, iza jedinih konkurenata Fenerbahčea (12 bodova manje) i Galatasaraya (-3). No, kako je Fener zbog namještaljki kažnjen izgonom iz Europe, Bešiktaš je zauzeo njegovo mjesto u kvalifikacijama za Ligu prvaka, iz koje ga je jedva izbacio Arsenal.
U Europa ligi Bešiktaš je igrao sjajno. Kao prvi je prošao grupu, a u šesnaestini finala izbacio je posrnuli Liverpool. U tom trenutku Bilić je vodio u prvenstvu i turskom megalopolisu koji navija za Bešiktaš hrvatski trener imao je status mesije. Međutim, debakl protiv Club Bruggea, a onda i niz očajnih rezultata u turskom prvenstvu, ubrzo su u prvi plan izbacili sve slabosti s kojima se Bilić morao hrvati te koliko god one bile objektivne prirode, za koje hrvatski stručnjak i nije kriv, iz temelja su promijenili percepciju javnosti koja mu ja ubrzo pokazala palac dolje. Rastanak je postajao sve izgledniji, piše
index.
Također, Bilić je postao jedini trener u povijesti Bešiktaša koji u derbijima protiv ostala dva turska velikana nikad nije pobijedio. U dvije godine Bilić je osam puta igrao protiv Galatasaraya i Fenerbahčea i u tim derbijima nema nijednu pobjedu, tek dva remija i šest poraza.
U 33., predzadnjem kolu turskog prvenstva, poraženi su kod Galatasaraya 2:0 i tako prvenstvo završili na trećem mjestu bez obzira na rezultat u zadnjem kolu, a umjesto očekivanih kvalifikacija za Ligu prvaka, idu u pretkolo EL.
Nakon utakmice protiv Galate vidno razočarani Bilić i službeno je najavio da od ljeta više neće sjediti na klupi Bešiktaša.
''Svjestan sam da nemam više kredita i da odlazim. Ja sam vodio momčad i na meni je jedina odgovornost što u dvije godine nismo uspjeli napraviti onaj iskorak koji se očekivao – naslov prvaka. Nismo uspjeli i jasno mi je koje su posljedice toga. Ne mogu reći da sam nezadovoljan igrom, kako u meču protiv Galatasaraya, tako i tijekom cijele sezone. Nisam ljut, samo sam razočaran. Neki će reći da nismo imali sreće, ali mojim igračima nešto nedostaje za pobjeđivanje u kontinuitetu. U velikim utakmicama nedostaje nam iskustva, ali mislim da nam nedostaje i malo kvalitete. Ipak, rezultat je mjerilo svega, a mi ga nismo imali.
Večeras smo rano primili gol, no dominirali smo sve do kraja utakmice kad nas je Sneijedorov gol dotukao. Nizozemac je bio presudan faktor večeras. Iskustvo igranja u velikanima poput Ajaxa, Intera, Reala i reprezentaciji Nizozemske, presudilo je. Jednostavno, bio je nezaustavljiv'', rekao je Bilić i na kraju je zaključio:
''Ipak, mogu biti ponosan na ove dvije godine koje sam proveo ovdje.''