Danas pusti, ovi otoci su nekad bili naseljeni, o čemu govore i ostaci predromaničke crkve sv.
Mihovilana Mrkanu.
Međutim, sve do 1284. otoci nisu imali veće značenje.
Te godine, dubrovačka obitelj Theophilis ih poklanja, zajedno s poluotokom Molunat, trebinjskoj biskupiji čijeg je biskupa Salvija protjerao raški kralj.
Naredni trebinjski biskupi u svoj naslov dodaju pridjev “mrkanski”, a na otoku se 1296. gradi benediktinski samostan. Benediktinci svoje samostane grade i na ostalim otocima u blizini Dubrovnika: na Svetoj Barbari, Lokrumu, Šipanu i Svetom Andriji.Trebinjsko-mrkanski biskupi borave na Mrkanu sve do 1456. kada biskup seli u Dubrovnik nakon čega otok dobiva drugu namjenu.
Sredinom 14. stoljeća Europom hara epidemija kuge koju su s istoka donijeli trgovci. Milijuni Europljana umiru, a bolest je došla i do najudaljenijih krajeva kontinenta.
Kako bi istovremeno spriječila buduće pojave ove bolesti i održala status trgovačke sile u Sredozemlju, Dubrovačka republika gradi prvu karantenu u Europi, i to na Mljetu 1397.
Nedugo nakon Mljeta, karantene se grade i na otocima Mrkan i Sveta Barbara, a služe za izolaciju pomoraca prije ulaska na teritorij Republike. Karantene na ovim otocima se upotrebljavaju sve do 1590. kada se u neposrednoj blizini dubrovačkih zidina gradi kompleks Lazareti koji se i danas nalazi na istom mjestu i nosi isto ime.
Turski putopisac Evlija Čelebija opisuje svoj boravak u Lazaretima izuzetno ugodnim, a svjedoči i kako su imućniji ljudi trgovali s Dubrovčanima čak i za vrijeme izolacije.
Preseljavanjem karantene na kopno, otoci postaju nenaseljeni, a u narednim stoljećima su uglavnom korišteni za ispašu stoke.
Mrkan i Bobara su 1948. nacionalizirani, a 1975. se proglašavaju ornitološkim rezervatom.
Danas nastanjen samo galebovima, Mrkan i dalje postoji u nazivu Trebinjsko-mrkanske biskupije.
